Le contrôle des conditions de production, de transformation et d'importation est réalisé par des organismes certificateurs. Ceux-ci sont agréés par les pouvoirs publics français sur la base de critères d'indépendance, d'impartialité, d'efficacité et de compétence. Le contrôle, payé par l’opérateur, est effectué au minimum une fois par an et autant que nécessaire en rapport avec la complexité du processus de fabrication, tant pour la production que pour la transformation. Il aboutit à la certification des produits et est donc pour le consommateur la garantie que les produits qu’il achète auront été élaborés en respectant des cahiers des charges rigoureux.

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