Les blés atteints de carie commune passent pratiquement inaperçus avant l'épiaison. Il faut observer attentivement la végétation pour détecter un léger raccourcissement des plantes, accompagné par une augmentation du tallage avec des brins mous, des épis grêles ou stériles, abaissant le nombre de tiges épiées par pied. Pas systématique, le raccourcissement est fonction de la variété et du type de carie présent. (photo ci-contre, © Arvalis)

À l'épiaison, une coloration bleu‐verdâtre (glauque) peut marquer les feuilles et les graines, selon les variétés. Cette coloration glauque est plus visible sur les épis, ainsi qu’un retard de maturation. Au stade "laiteux", des épis d’aspect ébouriffé laissent apparaître des grains malades (photos ci-contre). Ceci est plus ou moins aisé à repérer au champ selon le niveau de contamination.

Symptômes observés lors du battage :
- Formation d’un nuage noir (si contamination forte)
- Forte odeur nauséabonde
Si vous observez ces symptômes lors du battage sans avoir observé les symptômes sur les épis dans le champ, nous vous conseillons de nettoyer parfaitement votre machine avant d’aller récolter d’autres parcelles pour éviter de les contaminer.

Très peu d’épis cariés dans un champ (on parle de 0,1%) peuvent suffire à dégager une odeur de poisson pourri (odeur due à la présence de triméthylamine). Cependant, cette odeur n’est pas systématique, même à des taux de contamination plus élevés.

- Les grains cariés sont plus arrondis et plus petits, ils sont remplis de spores de carie (on parle aussi de "balles sporifères", voir photo ci-dessous à gauche)
- Les grains peuvent aussi être « boutés », c’est à dire que le grain porte des spores à l’extérieur, le plus souvent sur la brosse, issus de grains cariés qui ont éclaté (photo ci-dessous à droite). Ce sont ces grains boutés qu’il faut absolument éviter d’utiliser en semences.

La détection à l’œil de la carie, que ce soit dans une parcelle (observation des épis) ou au niveau de semences (présence de grains boutés), est très difficile et aléatoire, surtout en cas de faible contamination. Il convient d’être très attentif pour éviter de propager la carie, au risque de se retrouver avec des niveaux bien plus élevés l’année suivante et de contaminer ses sols. Une analyse en laboratoire agréé est le moyen le plus sûr pour détecter la présence de carie.

Les détections de spores de caries sont réalisés par des laboratoires en phytopathologie sur demande de semenciers ou d’agriculteurs. Ces tests sont obligatoires pour les semenciers et fortement recommandés pour les agriculteurs utilisant des semences fermières. Un échantillon d'une 50aine de grammes (environs 1000 grains) est nécessaire pour l'analyse. Lorsque vous prenez votre échantillon, multipliez les points de prélèvement dans le silo pour être le plus représentatif possible.

Par exemple, une telle analyse peut être réalisée par la Station Nationale d’Essais de Semences (SNES; https://www.geves.fr/analyses/) moyennant un budget d'environs 85€.

Les différents types de tests
Le test officiel de détection est un test de filtration, identification des espèces de carie et dénombrement des spores. Il détecte la présence de spores sur les grains et les quantifie. Cependant, ce test ne permet pas de différencier les spores viables de celles qui ne le sont pas.

Ceci nécessite une étape supplémentaire au test de filtration, qui mesure la viablité des spores par une méthode de coloration. Le prix de ce test (filtration + mesure de viabilité) est d’une centaine d’euros.

Un test de détection précoce a été mis au point au GEVES dans le cadre du projet ABBLE (2015-2018). Il est opérationnel pour vérifier l’infection de plantes à partir du stade 3 feuilles. Ce test se réalise plante à plante, sur une portion de la plante. Dans le cadre de l’évaluation variétale, il facilitera l'identification des variétés résistantes à la carie. Le programme Carie ABBLE va permettre la proposition d’un protocole CTPS (Comité Technique Permanent de la Sélection des plantes cultivées) de test de résistance à la carie commune pour les variétés déposées pour l'inscription en Agriculture Biologique, permettant ainsi d'identifier des variétés résistantes à la carie. Cependant, ce test ne peut actuellement être réalisé sur un “bulk”, c’est à dire sur un échantillon de plusieurs plantes, par exemple issues d’une parcelle de production.

Test simple pour estimer la présence de grains cariés dans la récolte : le test « du seau »
Mettre 5 kg de grains dans un seau rempli d’eau. Brasser et récupérer les grains qui surnagent. Répéter ce brassage jusqu’à ce qu’aucun grain ne remonte à la surface. Observer ensuite un par un les grains surnageant récupérés et déterminer s’ils sont cariés ou non (grains bombés remplis de poussière noire).
Attention, cette technique permet de détecter grossièrement des grains cariés, mais pas une contamination exogène (résidus de spores issus d’un silo mal nettoyé, de la moissonneuse batteuse, etc). En cas de production de semences (fermières ou certifiées), elle ne se substitue en aucun cas à une analyse en laboratoire.